El edificio donde está situado el museo, data aproximadamente del año 1495. El 19 de febrero del año 2002, fue catalogado como Bien de Interes Cultural. Es un edificio constituye una de los ejemplos más interesantes, completos y antiguos de las tipologías iniciales de la arquitectura de la ciudad de Zaragoza en aquella época. El edificio posee un total de 3 plantas. Hasta el año 1850 aproximadamente, la casa-palacio poseía propietario, pero éste falleció, y el edificio pasó a formar parte del Estado. Después de 15 años, la casa-palacio tuvo de nuevo un propietario llamado Juan Sánchez, que la compró. En 1922, al producirse otro cambio de propietario, la casa fue reformada completamente. Después de pasar por muchas reformas, años tras años, en 2001, se abrió en este edificio la Escuela Municipal de Música. Por último en el mes de mayo del año 2012, comenzaron de nuevo las obras para la construcción del Museo de la Edad Moderna, que mañana miércoles será inaugurado. 

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